佐助利用自己的写轮眼，通过复制其他考生的铅笔的移动完成考题。
第二场开始后不久，佐助和樱在死亡森林就遭到大蛇丸的攻击。在大蛇丸的恐怖实力之下，佐助非常恐惧、浑身发抖以至于基本无还手之力。就在佐助为保住性命，要将卷轴交给大蛇丸的时候，鸣人出现并勇敢地和大蛇丸战斗。鸣人的举动和言语激发了佐助的斗志，佐助使出“写轮眼操风车·三之大刀”将大蛇丸制住，并用火遁忍术烧毁了大蛇丸的脸。
出于对佐助天赋的欣赏，大蛇丸给佐助种下天之咒印。佐助痛苦地倒下，而大蛇丸离开前告诉樱，佐助迟早会来找他获取力量。因为中咒印的缘故，佐助和鸣人一样失去知觉，樱在一旁照料。正在这时，一群音忍奉大蛇丸之命来干掉佐助，战况十分不利。苏醒的佐助浑身布满咒印黑色的花纹，愤怒地向攻击樱的萨克发难。由于咒印的力量，佐助占据绝对优势，他暴力地扭断了萨克的手臂，并准备向其他两名音忍复仇。樱察觉到咒印状态的佐助失去了控制，抱住佐助，求他停手。樱的举动让佐助恢复了正常，在一旁惊恐万状的音忍们留下卷轴，赶紧逃离了现场。
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在第三场考试的初试选拔中，佐助的对手是音忍的赤铜铠。在比赛前，卡卡西警告佐助不要使用咒印的力量，否则可能直接被淘汰。战斗开始后，铠使用他的吸收查克拉的忍术大量地吸取佐助的查克拉，占据了很大优势。在不能使用咒印的情况下，佐助将他从李那里复制来的体术加以变化，自创了体术狮子连弹，并用意志逼退了咒印的发作，最终一招击败了对手。比赛过后，卡卡西封印了佐助身上的咒印以阻止它的发作。此时大蛇丸突然出现，告诉卡卡西和佐助，如果佐助自己愿意，咒印是无法被封印的，之后便离开了。
为防佐助经受不起力量的诱惑而使用咒印，卡卡西在接下来的一个月时间里单独陪佐助修练。佐助在和卡卡西的训练期间，学会了卡卡西的成名绝技千鸟，同时还针对我爱罗练习了从李处复制来的高速体术。虽然正式比赛的时候迟到，但佐助这一期间的苦练的成果很快展现出来。他的高速移动让我爱罗疲于应付，不得不用沙子将自己全身包围起来。佐助趁此机会首次使用千鸟，结果穿透了对手的绝对防御，并击伤了对手。与此同时，砂忍和音忍的木叶崩溃计划开始实施。我爱罗在砂忍的掩护下从木叶撤退。佐助追击我爱罗，一路上过关斩将，最终追上了对方。佐助一再使出千鸟，并切断了我爱罗用沙所凝成的一只手臂。被激怒的我爱罗使用守鹤的力量来反击，而佐助则由于咒印发作无法动弹，体力不支倒下。千钧一发之际鸣人赶到，一番苦战后击败了我爱罗。
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在得知卡卡西被突然出现在木叶的鼬击败后，佐助去探望卡卡西并打听消息。佐助从看望卡卡西的人那里得知鼬回到木叶的目的是要寻找鸣人，他立刻前往鸣人处。在与鼬正式碰面后，佐助立刻使出千鸟对付鼬，却被鼬随手破解并折断手腕。虽然佐助不依不饶，但鼬似乎并不想搭理他。鼬用月读毫不留情地击溃佐助并再三强调他的力量太弱。佐助精神涣散昏迷，被自来也救走，后被迈特凯背回木叶的医院养伤。
纲手回到木叶成为五代目火影后，治愈了佐助。在医院治疗期间，佐助回忆起他在第七班的历程，觉得自己力量太弱小，无法打败鼬，甚至被从前的吊车尾鸣人超过。心情抑郁的他和前来探望他的鸣人在医院进行了一次对决，虽然这次对决被赶来的卡卡西阻止，但佐助却被鸣人螺旋丸的威力所震慑，内心更加不安。
卡卡西在事后劝说佐助不要过于追求力量，但佐助已经积重难返。这时大蛇丸派来的音忍四人组吸引佐助的注意。佐助认识到大蛇丸给予的咒印力量后，决定跟随音忍离开木叶，追随大蛇丸以换取力量。佐助在离村被樱追上。尽管樱极力劝说佐助留下，并表白了对佐助的爱意，希望能帮佐助变强，但佐助的内心却一直充满复仇的决心，身为复仇者的他没办法留在她身边。佐助只是温柔地说声“谢谢”，然后击昏了樱，离开村子。
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在路上，佐助再次碰到音忍四人组。音忍给佐助提升咒印状态的药丸，吃下药丸进入假死状态的佐助被封印到特制的棺桶中，四人组带着棺桶前往大蛇丸处。这时，鸣人等人也开始了营救佐助的任务。最终鸣人在终结之谷追上了佐助。
佐助见鸣人穷追不舍，便声称要杀死鸣人。鸣人虽然感觉到佐助的杀意，但决心无论用什么手段都要把佐助带回村子。两人开始战斗，一开始佐助占据上风，后来鸣人使用体内九尾的力量压制佐助，但佐助在对阵中写轮眼升级，又再度将鸣人击倒。这时鸣人体内的九尾查克拉环绕在鸣人周围，并长出一条尾巴，而佐助则使用了咒印状态二，变成鹰的形态。
两人各自使出绝招——鸣人九尾形态的红色螺旋丸和佐助咒印状态的黑色千鸟在终结之谷的大瀑布上碰撞。僵持状态下，佐助击中鸣人，而鸣人只在佐助的护额上划出了一条裂纹。两种强力忍术的碰撞产生了巨大的爆炸，爆炸的威力足以山崩地裂。战斗以佐助的胜利而告终，但是佐助并未杀死鸣人，因为他决定用自己的方式获得力量，而不是像鼬所希望的那样，为了开启万花筒写轮眼而杀害同伴。佐助离开了鸣人，来到大蛇丸身边。
第二部开始时，佐助变得更加冷酷，初次见面就用写轮眼震慑住了佐井。他自称斩断了与鸣人的羁绊，全身心地追求力量。