虚耗过度的卡卡西，想起了琳、带土、四代目老师以及他父亲……纲手通过通灵兽感知到卡卡西的状况后，愤怒的击毁一根柱子……鸣人回到木叶后，因变成仙人状态可以感觉到大家的查克拉，但没有感觉到卡卡西的查克拉。后鸣人成功感化佩恩的真身——长门，长门运用外道·轮回天生之术使全木叶村所有阵亡人复活。卡卡西在精神世界中见到父亲后醒来。
纲手在佩恩一战后仍然昏迷，火之国召开会议推选新的火影，卡卡西被奈良鹿久提名为火影候选人，并受到火之国大名和高层认可，然而在团藏的影响下，大名任命团藏为六代火影。团藏下达了追捕佐助的命令，鸣人执意反对，卡卡西帮助开导鸣人，并对佐井表示信任。卡卡西、大和与鸣人三人小队暗地离开木叶，途中遇到雷影一行。鸣人跪地恳求无效，卡卡西也帮忙劝说未果。
……
“面具男宇智波斑”再次不请自来，被大和用木遁束缚，卡卡西以雷切威胁“斑”说出目的。“斑”说了一番大道理后以时空转移离开。我爱罗推荐旗木卡卡西，受到众影认可。
木叶与鸣人同期的众人商议由他们解决佐助。小樱作为代表与佐井、小李、牙一行找来，向鸣人表达了让他背负重担的歉意，鸣人不解其意，小樱愤而离去。佐井分身出现，说明真相，向鸣人解释了小樱的想法。众人惊讶，卡卡西已猜出大概，小樱想自己去解决佐助。随后，风影我爱罗一行来到，告知了卡卡西五影会议推荐他为火影之事。卡卡西表示他对火影之名没有兴趣，但既然需要他会担起这个责任。
找到刚刚杀死团藏的小樱欺骗佐助要背叛木叶加入他的队伍，佐助开出条件是要小樱动手杀掉香燐。就在小樱准备用毒苦无刺杀佐助时，佐助早已先下手为强想杀害小樱，跟踪许久的卡卡西飞身救下小樱，并与佐助对战。卡卡西明白佐助真的堕落了。想到了第七班的过去，他决定自己要背负这个重担，于是与佐助展开战斗。
卡卡西指出自己不想杀佐助，并劝导他放弃复仇，但这更加深了佐助的愤怒，使出了须佐之男完全体攻击卡卡西。卡卡西躲避不了便使出神威勉强将须佐的箭转移到异空间。佐助的眼睛因为过度使用而突然失去了光明，而小樱在身后欲攻击佐助，然而却举棋不定。佐助毫不留情地攻击了小樱，而卡卡西因为使出了神威导致身体反应迟钝，已经赶不上去救小樱，幸而鸣人及时赶到使小樱免遭其害。
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五大忍国与“面具男宇智波斑”之间的战争，忍者联军八万忍者集结主要分为五大连队。第三部队是中短距离支援部队，由兼备速度和体力的忍者构成，由旗木卡卡西担任队长。卡卡西结束和被秽土转生复活的雾隐七人众的战斗后，与阿凯在“斑”欲吸收鸣人的一瞬间夹击“斑”，但被“斑”觉并且躲过，但救出了鸣人。在与“斑”的对战中因不敌“斑”，而与被“斑”召出的尾兽僵持，僵持一段时间后，尾兽集体准备发出尾兽玉攻击卡卡西与阿凯，危急时刻，卡卡西欲使出神威将尾兽玉转移，阿凯却认为尾兽炮过于巨大无法全部转移，欲牺牲自己开八门遁甲的第八门死门来抵挡尾兽炮，最终被鸣人尾兽模式所救，“斑”使用九大尾兽的查克拉复活十尾，忍者联合军抵达战场，在五忍村的接连攻击下将十尾暂时控制住，此时卡卡西已精疲力尽。此后被鸣人传输了九尾的查克拉以后，体力恢复。
鸣人用螺旋丸攻击带土，“斑”用宇智波团扇反弹。鸣人使出袖珍尾兽玉向“斑”发动攻击却穿身而过。迈特凯的攻击也是穿身而过。鸣人四人碰不到“斑”之身。一切皆为徒劳.......
卡卡西趁机用神威试图拧下外道魔像的脑袋，被“斑”用时空间忍术解除。鸣人等无法对魔像下手，只能先击败带土。卡卡西扔了一只苦无，还是穿身而过，苦无飞向鸣人。苦无被卡卡西用神威传送走。攻击结束后，“斑”的面具上多了一道裂痕。卡卡西认为产生裂痕的成因是被传送到异空间的苦无！卡卡西的神威异空间和“斑”异空间相通！随后在异空间把“斑”炸伤的螺旋丸证明了这一点。
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卡卡西质问“斑”：“你是从哪得到那只眼睛的！？”“斑”回答：“硬说的话，是在神无毗桥之战！”卡卡西震惊地准备说出面具男的名字。卡卡西用神威将鸣人分身转移到异空间，“斑”未注意。在异空间中，“斑”的面具被鸣人的影分身用螺旋丸打碎。“斑”的真面目竟然是昔日队友宇智波带土。卡卡西十分惊诧，质问带土为什么走上这样一条路，带土冷冷的回答：“我的生死已经无关紧要了..如果要问我为什么会活下去的话，也是因为你对琳见死不救！”“我对你已经无话可说，剩下的只有这最后的决战！”随后真正的宇智波斑也来到众人面前。
带土将查克拉变为数十个巨型手里剑扔出，卡卡西发动土遁防御，但被带土穿过。卡卡西问为什么，带土说闭嘴废物。砍伤卡卡西的腿，阻止卡卡西逃跑用神威将其吸入异空间。卡卡西怀念少年带土，承认自己是个废物说：“带土，对我而言，你一直是个英雄…”。
……
卡卡西神威扭开异空间出来。卡卡西再问带土为什么会变。带土转身跳起用膝盖重创了卡卡西，用双十字手里剑戳穿卡卡西胸膛，瞬间血流不止。卡卡西忍痛说：“...木叶的英雄...为什么会走到这个地步...”带土回应：“在这个苟活的忍者世界里，谁都会变成废物！包括你我！所以我决意要摧毁它，创造一个新的世界！”。