在西方殖民者眼里，中国人以“勤勉”、“爱好和平”、生性“懦弱”而著称。而现在，经历了上一次的爪哇乱战，巴达维亚大半杯轰为废墟，荷兰人对中国人的看法有了改变。
根据中荷两家公司的马尼拉和约，荷兰殖民地对所有中国人开放。
重新担任总督的彼得逊.昆用高额工资招引万丹的中国人，而且对移居到巴达维亚的华商课以轻税，并奖励华侨招引同乡来巴城。
这一政策极为成功，中国来的大帆船运来了大量中国移民，中国人一旦获得能够自立的资产，便在巴城安家落户，也不介意与被送到这里做奴隶的巴厘女子通婚。华侨人口不断增长，而在巴城内的华侨多数从事商业活动，从流动小贩到固定摊贩，到零售商和批发商，形成了完整的商业网。荷兰殖民者实施“分而治之”的政策，将巴达维亚的居民按不同人等赋予不同的法律地位，其中，荷兰人居上层，华人处中间，底层的是原住民。与原住民采用当地法律和法庭审判不同，华人和欧洲人一样，可采用荷兰法律并在荷兰人的法庭进行民事诉讼和审判。经济上，华人不仅可从事各种中介业工商业，部分上层华人还承包各种税收和获得某些专利，经济发展明显优于原住民。荷兰总督昆把一切零售商业包括沿海贸易承包权交由华人甲必丹（首领）负责。他试图采取“以华治华”的政策，通过任命华人甲必丹，对华侨社会进行控制和间接统治。李锦已经离开巴达维亚，正式成为中华公司的股东，担任公司外事局的主管，不再为荷兰人办事了。此时，华天公司的旗号虽然还在南洋，但是已经成为中华公司的同盟者了。
昆总督在当地华人中寻找了半天，找到了一个在当地有百余年历史的华人家族的首领，苏鸣岗为甲必丹。此后，甲必丹被巴城华侨富商阶层的头面人物苏鸣岗把持了这一职位，本地华侨家族为了自家的利益，
甲必丹被认为是华侨在荷兰总督府里的利益维护人和联系官方事务的中介人。每个华侨需按月到甲必丹府第交纳人头税，并至少每年报到一次。1618年，华侨支付的人头税占荷兰东印度公司在城市征集的人口税和其他税收所得总和的一半以上。在巴城当局对赌博、零售业、货物进出口、木偶戏等行业所征收的21个税项中，华侨承包了其中的17个。在荷兰人这里尝到一点甜头后，中华联合公司在巴达维亚的商馆就被人有意地忽视了。中国人喜欢内讧的老毛病又一次发作，在荷兰人支持下，这些本地华侨家族联手抵制中华公司的垄断贸易。
实际上，“爪哇乱战”五年后，华人在整个爪哇北部沿海地区，都已经享有了比土著民优越的法律和经济地位，这引起了原住民的妒忌和强烈不满。不少巴达维亚、万丹、泗水土著把华人看成是继荷兰人之后抢走印尼原住民财富的剥削者，同时，华人也成了马达兰土邦国国王的眼中钉。
这一任马达兰国王的父亲在上一次爪哇战乱中，靠着中华公司军队的支持打败叛军的。马达兰国王素丹阿贡即位之初，就有征服全爪哇、统一全爪哇的宏图。为实现这个计划，即以征服苏鲁马益管辖的邦维坦(爪哇东部诸地)及马都拉国为第一步。这些地方，当他父王死时，还在交战之中，未曾彻底征服。其后数年，他们还竭力抵抗马达兰的征伐，保持独立。但素丹阿贡的最大敌手，却是1613年后的重新发展起来的巴达维亚。荷兰人进入爪哇前，在西爪哇地区，除万丹王国外，还有保持半独立状态的雅加达和井里汶，在十六世纪末，雅加达已不是一个重要的地方了，因为香料贸易已经完全集中于万丹，尽管万丹的港口条件不如雅加达。而在爪哇战乱后，靠着中国人的勤劳，巴达维亚的繁荣已经夺去了万丹的不少贸易份额。
索丹阿贡企图征服巴达维亚，也想要征服万丹。但是，这些地方都有中华公司的商馆，井里汶苏丹更是和中国人联手结成同盟。
由于中华公司、荷兰人、英国人、法国人在万丹都有商馆，他们都支持万丹保持独立地位。大约在尹峰发起反海禁的战争的时候，也就是两年前，马达兰国王素丹阿贡想要攻占万丹，但是他的军队被万丹首相腊纳孟加拉的军队击败，万丹军队中有中华公司和荷兰人雇佣军的身影。素丹阿贡知道了这一事实，对中国人、荷兰人非常不满。他向荷兰人占据的巴达维亚派出使者，要求荷兰人为此做出解释。
荷兰人明白，马达兰国王的目标是整个爪哇。荷兰总督昆想尽办法要把素丹阿贡的目标转向华人。他告诉马达兰的使者：中华公司和中国人是荷兰人的债主，海上贸易被中华公司垄断了大半，只有除去中华公司在爪哇的地盘，荷兰人没有了债主，才能和马达兰国合作。
马达兰土邦的封建主们本来就对中国人非常不满，在荷兰人挑动下，马达兰国王素丹阿贡准备和以前的同盟者中华公司翻脸了。
这时，中华公司和大明朝廷开战的消息传来，西洋殖民者闻讯大喜。
同一时刻，另一个新来的南洋玩家英国人也开始了动作。英国人曾试图在帝汶的昆贝洛建立商馆，为荷兰人阻止，但却在1614年占领了爪哇的阿伊岛，据为己有，荷兰人此刻陷入爪哇混战，一时也没有办法对付。
由于中华公司开始垄断丝绸、瓷器等贸易，并且已经插手到香料群岛的贸易中来，英国人和荷兰人此时却联手了。英国人、荷兰人联手向万丹土邦首相腊纳孟加拉建议，只要把中国人赶走，就能把被巴达维亚抢去的贸易份额夺回来，而且，英国、荷兰两家还可以提供火器给万丹，帮他们对抗马达兰国。
此刻，由于马达兰的进攻和贸易份额被巴达维亚夺走，万丹的情况很糟糕。中华公司万丹商馆的商情部曾经报告说，万丹的治安十分恶劣。居民五方杂处，英、荷水手时常闹事起哄，互相攻打。贵族官吏，横征暴敛，无所不为，游民盗窃，充斥市区。荷兰人、英国人和中国人商店成为抢劫对象，这简直就是国际都市的腐烂性的充分表现。在今年年初，有整整一个月，万丹陷于南榜“猎头族”所造成的恐饰之中。他们突然侵入家宅，割掉居民的头。据说是在南榜区有万丹人的宿敌，他们的“王”促使南榜人民前来猎头的。万丹政府对之也无可如何。在英国人、荷兰人鼓动下，也为了转移本地贵族、流民的愤怒情绪，万丹首相腊纳孟加拉在今年5月份悍然下达驱逐华人的命令，并派兵进攻中华公司商馆。
万丹华人并不是团结的，由于本地有不少历史悠久达三百年以上的华人家族存在，中华公司在此地的号召力还不如巴达维亚。但是，在万丹土邦驱逐华人的行动中，这些华侨家族一样被赶出了城，不得不在中华公司商馆组织的自卫队保护下，向巴达维亚撤退。
同一时期，马达兰国王素丹阿贡在爪哇东部威腊索诺城打败了爪哇东部土邦联军。苏鲁马益、巴苏鲁安、杜板、威腊索诺、惹班、拉森、布伦东(在杜板以东的北海岸)、马都拉这些土邦国组成的同盟联军，准备极不充分，兵士苦于饥饿，困惫异常，被雄心勃勃的素丹阿贡国王打败。素丹阿贡占领威腊索诺城，本城太守在战争中为河水所溺毙。素丹阿贡为绝灭反叛之迹，把死亡的太守的儿子和他的居民，一起都移到万由马斯去。这种办法是马塔兰对战败的城区所经常采取的策略。
他这一战基本平定了爪哇东部，现在，马达兰国统一爪哇岛的目标就剩下西部的巴达维亚、万丹和井里汶。首先，得把讨厌的中华公司赶走，夺走他们的财产。素丹阿贡国王和万丹首相几乎同时对中国人下手：他第一刀砍向了三宝垄华人区，这是他统治区内最大的华人区。中华公司在此地有不少种植园和农场，还有一处堡垒式的商馆。然后，他逼迫泗水的苏丹驱逐华人；泗水苏丹已经臣服于马达兰国，不得不对城内的华侨动手。
荷兰人、英国人为万丹、马达兰提供武器，但是都是秘密进行的。在巴达维亚，荷兰人没有亲自对华人动手，因为巴达维亚几乎大半人口是华人，荷兰人也不想把整个巴达维亚都投入战火中去，这样做势必把自己人也牵连进去。巴达维亚的中华公司虽然被本地华侨家族冷落，但是依旧有着很大的实力，至少那中华商馆的卫队就足足有800多人。在爪哇其他华人区打成一团的时候，那些华人难民不断向巴达维亚集中，而荷兰人与中国人在此形成一种诡异的和平局面。
在尹峰带着大军到达马尼拉时，不仅爪哇岛，亚齐、马六甲、香料群岛、帝汶等地都发生了土著人和华人的冲突。马六甲同时还遭到了英国人、荷兰人和亚齐土邦国的联合进攻。
亚齐王伊斯坎达尔.穆达是杀死自己叔叔篡位为王的。伊斯坎达尔.穆达和马达兰国王一样都是雄心勃勃的枭雄人物，一心要恢复当年麻若巴歇王朝的霸业。1613年5月7日，亚齐战船又攻柔佛的巴士沙瓦尔首都，并且占领了它。1615年，亚齐已完全控制了马来半岛的柔佛。亚齐和柔佛联合起来，共同对付葡萄牙人。1615年秋，亚齐人曾向马六甲进攻，同葡军战于麻坡的沿海，历时三日三夜，终因不能击破葡军而退,1616年7月，亚齐王在致英王詹姆士一世的公文中，自称为“世界无敌的战士”，治国己达39年。这位夸夸奇谈的亚齐王，对于自己国力的强大是很有信心。
英国人、荷兰人都想乘中国内战的机会，夺取亚齐殖民地。亚齐王也乘着中华公司专心对付大明王朝海禁的机会，下手攻打亚齐华人殖民地。这一下，三家联手对中、葡两家发起攻击。
总之，在尹峰在马尼拉准备出击南洋的时候，以爪哇、亚齐、马六甲为主要战区，南洋再次陷入了战乱。这一次的战争阵营很明确，西洋列强联手本地土著，共同对付中华公司以及全体华人。
战争初期，三宝垄、泗水的华人区都发生激战，华人们在中华公司组织下成功抵御了成千上万土人的进攻，但是也只能困守在城内或者中华商馆控制区。万丹的华人缺乏组织和合作，基本被万丹军队驱逐一空。井里汶苏丹承受了马达兰国王的很大压力，坚决不向华人开战。各地分散的华人被杀戮一空，少数逃出生天的华侨难民在友好土著帮助下，陆陆续续向井里汶和巴达维亚逃去。
三宝垄中华公司商馆是一座石头砌起的建筑，如同一座堡垒。战事一起，三宝垄周边华人都躲进了中华商馆，凭借高大石墙抵御土人进攻。
没有重火器的土人虽然有成千上万，但是华人凭借高墙和几百杆燧发火枪、两门小型青铜炮，一次次瓦解了土人的攻击。然而，就在不久前，中华商馆的水源被掐断，断水的华人们实在没法坚守了，在中华公司爪哇安全主管吴浩带领下突围而出。三宝垄的中华商馆就此陷落，为数三千的华人在突围中被杀死近千，余部扶老携幼、拖儿带女长途跋涉，十天后最终只有一千余人到达了井里汶。随后，井里汶城和城外中华商馆、种植园被蜂拥而来的数万马达兰军队包围。
李丽华得到的消息已经是十天前的，正是三宝垄华人余部撤退到井里汶的时候。因为，此时的整个爪哇岛上，只有巴达维亚和井里汶的中华公司商馆还有信鸽。
尹峰听完李丽华的报告，立刻下令给在婆罗洲整训部队的颜思齐第五师，立刻出击爪哇岛。